L'attuale chiesa, afferma il Gavini, è una ricostruzione barocca (settecentesca) sulle vestigia di un edificio del XII secolo.
La costruzione originaria doveva essere molto più bassa.
Una testimonianza di essa la osserviamo all'esterno della parete destra con le tre monofore ad arco acuto depresso trilobato, e nell'opera muraria con il coronamento in pietra gustosamente modellato.
L'unica navata, semplice e solenne, sobriamente ornata di stucchi, è scandita dalle profonde arcate laterali, che simulano altrettante cappelle con altari ornati di stucchi, e dalle grandi arcate a volta.
Meritano attenzione: l'altare maggiore in pietra e marmi (l'altare frontale e l'ambone furono costruiti nel 1982 con pietre e marmi settecenteschi di recupero); la tela a sinistra dell'abside (Madonna con Bambino e Santi); la tela dell'Assunta, un pò deteriorata, con cornice, lesene, basi e capitelli in pietra artisticamente lavorata (in fondo a sinistra della navata); la Cantoria ed il paramento dell'organo in legno finemente decorati a tempera con motivi floreali; il portone centrale datato a761 decorato con i simboli degli Evangelisti, stranamente disposti, ed ornamenti di fiori e foglie.
Il Piccirilli suppone che: "La chiesa attuale, dedicata al santo di bari, doveva portare altro titolo e probabilmente quello di S.Maria come nella Bolla del 1112" del Papa Pasquale II e di quella del 1138 di Innocenzo II.

Fino ai primi decenni del 1500 il titolo della chiesa sembra oscillare indifferentemente tra "S. Paolo a Peltino" (o Peltino) e "S. Maria".
Nel 1545 è nominata per la prima volta una "Cappella di S. Niccolò".
La stessa Cappella in seguito prenderà il titolo di "S. Maria (di Loreto)" ed il suo titolo di "S. Niccolò" passa alla Chiesa Parrocchiale.
tuttavia nel 1585 Il Vicario Apostolico Girolamo Moriconi verificò lo stato della "Chiesa di S. Paolo" di Prata e dei suoi cinque canonicati (Collegiata).
I parroci del XIV secolo portano il titolo di Abati mentre il committente dell'ambone del 1240 si firma "Praepositus Thomas" (Preposto Tommaso).
La devozione a S. Nicola dovette essere certamente una importazione dei pastori transumanti in Puglia. In breve tempo essa si affermò fino al punto di dare il titolo alla Chiesa, alla Parrocchia e far eleggere S. Nicola patrono e Protettore del paese.
Ciò fa capire, di riflesso, quanto diffusa e fiorente fosse allora la pastorizia a Prata (il grande tratturo, tuttora esistente, benchè di dimensioni ridotte, attraversava il territorio di Prata a circa un chilometro dall'abitato. La pastorizia e la produzione dello zafferano furono, dai tempi remoti, la ricchezza di queste terre).
Tuttavia la devozione a S. Paolo di Tarso è stata ininterrotta fino ad oggi. Nella celebrazione annuale della festa patronale, l'ultima domenica di Giugno, insieme a S. nicola si festeggia sempre S. Paolo nella Chiesa a Lui dedicata.